Chime の使い方(仮営業中)

マウスコントロール一覧 右クリックで表示されるメニュー 応用操作

●基本操作

スクリーンの上で右クリックすると，操作のメニューが表示される。

●画像を操作する

左右のマウスボタン，Shift key, Control key の組み合わせて，分子モデルの X-Y 軸での回転，移動，Z軸での回転, 拡大などが可能である。 たとえば，左ボタンを押しながら左右にドラッグすると， 分子モデルは Y 軸(縦軸)の周りで回転する。

マウスコントロール一覧

Action Windows Macintosh
MENU Right Hold Down
Rotate X,Y Left Unmodified
Translate X,Y Ctrl-Right# Command*
Rotate Z Shift-Right Shift-Command*
Zoom Shift-Left Shift
Slab Plane Ctrl-Left Ctrl

●右クリックで表示されるメニュー

図のメニュー項目をクリックしてください。


  • Rotation
    連続回転させる
  • Display
    いろいろな表示方法を選択できる。
    1. Wireframe
      針金モデル
    2. Ball&&Stick
      球と棒
    3. Spacefill
      分子のサイズの球で表示
    4. Backbone
      タンパク，DNAの主鎖だけ表示
  • Options
    1. Display Hydrogens
      水素原子を表示する
    2. Display Hetero Atom Groups
      本来の核酸，タンパクにない原子団を 表示する
    3. Display Hydrogen Bonds
      水素結合を表示する
    4. Display Disulfide Bridges
      システイン同士のS-S結合を表示する
    5. Dot surface
      分子の表面を点描で表示する
    6. Slab mode
      画面に平行な平面で分子を切断して表示する
    7. Specular
      光を当てて見やすくする
    8. Shadows
      影を付けて見やすくする
    9. Lables
      アミノ酸，塩基の名称を表示する
    10. Sprout Hydrogens
      水素原子の位置を計算して生やす
    11. Stereo View
      立体視画像で表示する
  • Select
    [Select]では，特定の原子，アミノ酸，ヌクレオチド， 主鎖などをマウスで選択したり， 選択された部位を特別な表示で見たりすることができる。
    1. Select All
      分子全体を選択する。
    2. Mouse Click Action
      マウスのクリックで何 をするかを指定する。指した原子について ステータスバーに情報を表示する場合と， 指した原子が何かの動作の基準点になる場合がある。
      • Noneなにもしない。
      • Identify 原子の属性（名前，番号，属する残基，塩基）
      • Distance 連続して指した原子の間の距離を表示する
      • Angle 連続して指した3個の原子から， 結合角を表示する
      • Torsion 連続して指した4個の原子から， 結合のねじれ角を表示する
      • Toggle Distance Monitor 連続して指した原子の間の距離を表示する
      • Toggle Atom Lable 原子の属性表示をオンオフする。
      • Pick Center of Rotation 回転の中心に指定する。
      • Toggle Atom's Selected State 指した原子の選択／非選択を切り替える
      • Toggle Residue's Selected State 指した残基の選択／非選択を切り替える
      • Toggle Chain's Selected State 指した鎖の選択／非選択を切り替える
    3. Highlight Selection
      選択された部分をハイライトする
    4. Invert Selection
      選択/非選択を逆にする
    5. Hide
      表示せずに隠す
      • Hide Selected 選択された部分を隠す。
      • Hide Not Selected選択されなかった部分を隠す。
    6. Change Colors To
      選択された部分に色をつける。
    7. Modify Selection Mode
      すでに選択された部分との関係を指定する。
      • Replace Selection 選択部分を置きかえる。
      • Add To Selection 前の選択部分に追加する。
      • Add Common To Selection よおわからん！
      • Subtract From Selection 前の選択部分から削除する。
      • Mutual Exclusion(XOR) 前の選択部分と新しい選択部分の和集合だけ残す。
    8. Residue
      特定のアミノ酸残基を選択
      • ALA, ARG, ASN, ... アラニン，アルギニン，アスパラギンなどをそれぞれ選択できる。
    9. Atom
      特定の原子や原子団を選択
    10. Hydrogen
      水素原子を選択
    11. Non Hydrogen
      水素原子以外を選択
    12. Hetero
      タンパクや核酸ではない異分子を選択
      • Hetero 異質分子
      • Solvent 溶媒分子
      • Non Solvent 溶媒以外
      • Water 水分子
      • Ions 金属イオン
      • Ligands ヘムなどの分子
    13. Protein
      タンパク分子の特定の部位を選択
      • Protein タンパク分子全体
      • Amino アミノ酸だけ全部
      • Alpha Carbon アミノ酸の中心になるα炭素
      • Backbone 主鎖
      • Bonded 結合してつながっている部分
      • Buried 分子の内側に埋まっている部分
      • Helix ヘリックス（らせん）構造
      • Sheet シート状構造（βシート） →解説
      • Side Chain 側鎖（主鎖から出た枝の部分）
      • Surface 分子表面の表面部分
      • Turn 折れ曲がり構造
      • Acidic 酸性
      • Acylic アシル
      • Alphatic アリファティック
      • Aromatic 芳香族性
      • Basic 塩基性
      • Charged 電荷を帯びたもの
      • Cyclic 環状構造
      • Hydrophobic 疎水性
      • Nutral 中性
      • Polar 極性
    14. Nucleic
      核酸の特定の部位を選択

    ●応用操作の例 以下の説明はすべてマウスで右クリックしてからの操作です！







    用語解説